Скорее всего отказала одна из линий PCI Express

Скорее всего отказала одна из линий PCI Express порта. А запуск с некоторыми
картами связан с автоматическим переходом PCI Express на меньшую разрядность.
Если карта это поддерживает, плата с ней работает, иначе нет.
Теоретически может быть перебитый проводник между слотом и мостом или

проходной керамический конденсатор, практически - наивероятнейшая причина -
частичный отказ моста. Иногда можно увидеть этот дефект, измеряя омметром
сопротивление между землей и линиями TX(i), RX(i). Линии, по которым включены
керамические конденсаторы между мостом и слотом следует прозванивать со
стороны моста. Прозванивать на пределе для проверки диодов. Само
сопротивление малоинформативно, важнее его равенство для всех линий.
Иногда следить за изменением этого сопротивления полезно даже во время
прогрева.