полагаю, что речь о совместимости по интерфейсу,

Цитата:
если флэшки софместимы между собой

полагаю, что речь о совместимости по интерфейсу, а не идентичности флешек или их программной совместимости.

Цитата:
после загрузки платы и замены ее родной флэш на прошиваемую в прошивальщике какая флэш должна определяться

очевидно, что прошиваемая. Дело в том, что внутри каждой флешки записан ее производитель и ее модель (в виде числовых идентификаторов), по которым программы-прошивальщики узнают их. Сделано так потому что каждая флешка обладает своей спецификой (разная организация, разные алгоритмы прошивки, специфические защиты от записи и пр.)