Ну, уж коли Вы добрались до FDA... позволю

Ну, уж коли Вы добрались до FDA... позволю себе еще несколько замечаний.
0) Внимательно прочитайте иструкцию по работе с FDA, включая ликбез по внутренним форматам записей на FDD и способам их намеренного нарушения.
1. Любой FDA нормально может работать только под ГОЛЫМ DOS. Никакие DOS-сессии Вам не помогут. Это - азбука прямого программирования контроллера FDD. Также, чем древнее мат.плата, на которой Вы собираетесь извращаться с дискетами - тем лучше. Идеалом была бы IBM AT 286-386, в крайнем случае - ранние 486-е платы (еще без трехвольтного питания процессора). На современных платах многие НЕСТАНДАРТНЫЕ команды прямого программирования контроллера FDD просто не проходят, а именно они и необходимы для записи нестандартных блоков.
2. Если калибровка дискеты на FDA не проходит - или FDA Ваш кривой, или дисковод, или дискеты, или мат.плата.

3. Если Вы при всех Ваших калибровках, однако, сразу защитили дискету-источник от копирования и дисковод НЕ ЦАРАПАЕТ ДИСКЕТЫ - ничего с ней не будет, даже если Вы ее тысячу раз прочитаете.
4. Если, как утверждает Ваш клиент, с этих дискет установка еще ни разу не производилась - действуйте так, как было предложено:
________________
а) Сделать с помощью FDA максимально возможное число копий этой дискеты (в том числе в ИНЖЕНЕРНОМ режиме, когда полный образ и карта дискеты пишется в файлы на HDD). Внимательно изучить карту всех секторов обеих исходных дискет. Изучить точно так же карту дискет-копий. Если разницы нет никакой - приступать к следующему этапу, иначе - повторять пункт (а) до полного усвоения. Или - отказаться от затеи уже на этом этапе.
б) Произвести установку программы с комплекта дискет-копий. Если она пройдет успешно - снова списать образы и карты обеих дискет ПОСЛЕ установки. Сравнить посекторно с исходным вариантом. Разница покажет Вам все "хитрости" защиты.
в) Если пункт (б) не удастся выполнить (с комплекта копий установка не идет) - значит, исходный комплект дискет имеет некопируемые метки, которых FDA не видит.
В этом случае, однако, остается надежда, что после установки программы с РОДНЫХ ИСХОДНЫХ дискет удастся на них же снова записать то, что Вы сняли с них в инженерном режиме до установки. Таким образом (может быть) Вы сможете иметь комплект дискет с УНИКАЛЬНЫМИ метками, но с возобновляемой инсталляцией.
Если же и пункт (в) не поможет - тогда можно посчитать проект взлома этой защиты экономически нецелесообразным.

P.S. По поводу Вашей паранойи: Нет, при некоторых вариантах защиты такое вполне возможно. Очевидно, кроме всех прочих извращений, на дискете намеренно перепутана нумерация секторов, поэтому процесс обычного ее копирования и идет так долго: система достаточно долго ищет следующий сектор с НУЖНЫМ номером. Тогда рискну предположить, что защита (не считая возможных некопируемых меток на самих дискетах) может заключаться в прямом чтении установочной программой содержимого дискеты подряд, НЕВЗИРАЯ на нумерацию секторов (что даст при обычном копировании, как Вы понимаете, полный бред). И тогда, возможно, способ (в) и сработает.