smd конденсаторы бывают полярные и у них

Цитата:
Есть ли разница, какой стороной прикладывать конденсатор к контактным площадкам, или он изотропный?

smd конденсаторы бывают полярные и у них отмечен положительный вывод, в вашем случае, наверное, полярность не имеет значения.
Цитата:
Есть ли принципиальная разница, каким флюсом/припоем пользоваться?

любой нейтральный флюс (канифоль например)
Цитата:
Каким способом можно избежать перегрева детали/мамки?

уменьшить время пайки до минимума, а деталь прогреется в любом случае до температуры плавления припоя, в виду малых размеров.
Цитата:
Какая вообще оптимальная температура для такой пайки?

здесь подсказать не могу, не знаю. сам паяю, если паяльником станции - 250С, либо простым советским 25ВТ паялом