как используется возможность перепрограммирования ROM (чаще всего

"как используется возможность перепрограммирования ROM (чаще всего в спецификациях на микросхемы flash-rom через посылку определённых команд по смещению 555h на отображаемой области в памяти)? Или даже просто нужно, чтобы весь ROM отображался в память"

не надо сравнивать "теплое" с "кислым", ROM - ROMу рознь

"на отображаемой области в памяти" - означает систему в которую впаян ваш flash-rom,
он ведь наверно на вашем PCI/e устройстве, а не на материнке?

вот ваше FPGA (на вашем PCI/e устройстве ) и увидит "отображение", при соблюдении правильной схемотехники, и что вы сделаете с этим "отображением" зависит только от вас

а материнка об этом , ни малейшего понятия, у нее свое "отображение" (т.е. БИОС( обеспечиваемое своей схемотехникой

вроде так