2.9V многовато, желательно не более 0.6V - 0.7V На

2.9V многовато, желательно не более 0.6V - 0.7V
На сколько я помню у этих мультиметров на всех пределах ~0.5V
(кроме прозвонки диодов, там около 3V), Вы не ошиблись?
Перепроверил свой MY-60(напряжение замерял своим
старым В7-16(Rвх = 10MOm). Получил примерно 0.5V во всех
режимах, кроме прозвонки диодов и 200MOm предела.

Если действительно 2.9V и нет другого мультиметра, можно
параллельно входу мультиметра временно подключить
кремниевый диод, он ограничит напряжение до ~0.6-0.7V.

Фото отличное получилось!

Относительно C16 - Вы уже совершенно верно определили
назначение. Можно и старый запаять обратно, если хотя бы
часть металлизации на обеих сторонах целая.

2 ножка 7407 - выход элемента с открытым коллектором, так что
"подтяжка" необходима. Возможно R29 c C286 выполняет также
функции небольшой задержки, хотя емкость C286 отсутствует
изначально.

Соединен ли нижний конец неприпаянной емкости C286 с корпусом?

Попробуйте определить соединен ли верхний по фото вывод
резистора с питанием (+5V/+3.3V/+5VSB, хотя могут быть и
дополнительные стабилизаторы на плате например 1.5V, 3.3VSB итп).
Также учтите что 3.3V Ваша плата по всей видимости берет не с
блока питания, а вырабатывает самостоятельно(мерять относительно
катушки, что рядом с флоппи разъемом).

Если все эти соединения такие, то можно попробовать 4.7-10KOm

Сегодня пересмотрю мои платы на BX, может быть на каком-нибудь
похожая разводка, жаль ни одного IWill нету.