А ёмкость конденсаторов влияет, может новые лучше.
Новые ставить смысла нет! В моей практике было много таких случаев, обычно материнка с такой поломкой заводится и нормально работает, но некоторые не видели AGP видео. Если уж так осторожничаешь сними с матери на таком же чипсете.