Загрузка должна была вестись в Pure DOS, т.е.

Загрузка должна была вестись в Pure DOS, т.е. в Safe Mode Comand Promt Only для Win98 и Minimal Boot - для WinME, если так и было (в чем я по ряду причин сомневаюсь), то все ОК...
А сомневаюсь я вот почему: большинство имеющихся на руках разных "суперзагрузочных" и т.п. установочных дисков 98/Ме данную возможность не предоставляют, и соответственно, грузятся уже в "полноразмерном" ДОСе с экстендерами памяти, чего при прошивке категорически делать нельзя...

Исходя из этого, уже и не так важно, где были флэшер и прошивка: если все-таки загрузка произошла в режиме чистого ДОСа, то все находилось на загрузочном девайсе, что было бы нормально, если бы Вы использовали любой другой флэшер, кроме Amiflash - дело в том, что последний имеет привычку сохранять заданные при перешивке ключи, что вряд ли ему удалось сделать на CD-ROM'е...
Еще одна "неувязочка" - предположение о том, что флэшки с меньшим рабочим напряжением благополучно шьются на матерях с большим: это верно, если мать "понимает" и 12, и 5 Вольт, однако, бывают случаи, когда мать 5В или не поддерживает вообще, или поддерживает только при переключении вручную; понятно, что в этом случае 5-вольтовка просто сгорает...
Однако, все это не объясняет одного - почему сейчас сабжевая мать не грузится... Больше ничего не произошло, Вы все вспомнили?..