Чтобы использовать только бут, надо знать с какого места надо начинать его лить.
Bootblock располагается по старшим адресам. Т.е. при размере bootblock'а 16 кб, например, и размере прошивки 4 Мбита нужно 507904 байта 0xFF. И к файлу из 0xFF дописывается bootblock.