А каков выход из такой ситуации?

Но когда загружается винда и оригинальный драйвер, то регулировать начинает ОС. В вашем случаи может как вариант установлен референсный драйвер, который не подозревает об конкретном исполнении регулятора куллера и видяха в результате банально перегреватся.