BIOS, положим, может быть и меньше 4 Мбит,

BIOS, положим, может быть и меньше 4 Мбит, хотя скорее всего причина именно в этом,
а вот размер страницы самой флешки (для чтения за одну команду, ускоряет работу с флешкой) может быть другой.
Если в прошивке используется такое чтение, что наверняка, то при меньшем размере страницы, не считывается часть информации.