Насчет памяти я высказался уже - 3 планки

Насчет памяти я высказался уже - 3 планки по 16 чипов при том что Мтек я никогда не считал хорошей памятью (а вот жалобы у меня на нее есть) - ИМХО многовато, советую просто найти другие планки и поэкспериментировать.

Вообще Вам ничего не мешает загрузиться в ДОС с дискеты и погонять тесты памяти, чтобы панять, в чем проблема. Для начала неплохо бы Testmem+Testmem2+GoldMem, Testmem4 (S&M) приветствуется также.

Отрицательные напряжения вполне в пределах допустимых, только получают их обычно с тех же обмоток, с которых получают положительные, только положительные получают диодами Шоттки, на которых меньше падение напряжения, а отрицательные в силу малых токов - обычными, отсюда отрицательные чуть ниже.

Видеокарту Вам уже говорили сменить на PCI, это даже лучше чем АГП для Вашего случая.

Тактовый генератор лечится за пару минут при помощи аналогичной платы и паяльного оборудования. Только сначала проверьте все остальное, ничего сверхестественного Ваш компьютер не испытывал, насколько я могу судить, посему про генератор говорить рано. Другое дело что эпоксидка вряд ли хорошо проводит тепло, а тюбик теплопроводного клея стоит 50 российских рублей.

Проверьте шунт. На всякий случай можно проверить без шунта работу компьютера.