Попробую вкратце на пальцах с упрощениями. Вторички трансформатора изначально

Попробую вкратце на пальцах с упрощениями.
Вторички трансформатора изначально рассчитаны на заданное напряжение по количеству витков и ток по сечению провода.
Частота работы шима неизменна, т.е. управляющие импульсы на затворы или базы транзисторов следуют с одной и той же периодичностью. А вот длительность импульсов зависит от обратной связи. На холостом ходу ширина импульса минимальна, поскольку минимален ток, потребляемый нагрузкой. Но вот мы повесили на выход лампочку, потребляющую n ампер. Выходное напряжение просядет, шиму сразу же настучит об этом обратная связь, соответственно он увеличит ширину импульса, что в свою очередь вернет напряжение на родину и обеспечит нагрузке необходимый ток. Ваш APFC-PWM контроллер работает на частоте 66кГц, а значит весь процесс регулировки будет стремителен, аки понос.

Некоторые шимы и апфц контроллеры могут вообще выдавать от одного до небольшой пачки импульсов, а потом затыкаться на некоторое время при минимальном токе нагрузки.
Про не сработавшую защиту.
Возможно процесс умирания диода во вторичке был растянут во времени и шим воспринял это как постепенное увеличение тока нагрузки.
Соответственно защита попросту не успела отработать, а транзисторы, выведенные шимом в запредельный режим работы, сдохнуть вполне себе успели.